Bueno una vez que ya en la anterior entreta vimos los principales ficheros del tema, en este tema nos ponemos manos a la obra.
Hay que decir que hay que tener cierta destreza con los CSS, para aquellos que no sepan CSS les recomiendo este manual de CSS [1].
Básicamente, para empezar a manipular los ficheros header.html y footer.html para que vaya quedando el sitio web tal y como queremos, además deberemos y manipulando los estilos (styles_layout.css, styles_color.css y styles_fonts.css). Aquellos que tengan más experiencia con los CSS además deberán tocar los ficheros que tienen estilos específicos para Internet Explorer y Mozilla (si no los modificáis, eliminad dichos ficheros, que sino es posible que lo que estéis programando no se vea luego reflejado).
Si desear poner la imágnes de las carpetas, expandir o recoger de forma personalizada, verás que hay una carpeta llamada pix. Deberás poner ahí todas las imágens personalizadas, para ello debes copiarte la carpeta pix del raíz de moodle (donde están las imágenes por defecto), cambiar las que quieras (con el mismo nombre) y luego ir al fichero config.php del tema y cambiar $THEME->custompix = false (ponerlo a true).
Bueno lo que queda es ir probando colores y mirando bien las cosas que vas modificando. Si tengo tiempo intentará hacer un pequeño esquema de los CSS, de manera que explique qué hay que cambiar para cada cosa, aunque la verdad está explicado en un inglés muy sencillo, y si no dominas inglés no creo que haya problemas en la traducción si utilizas Google Traductor.
Enlaces:
[1] Manual de CSS muy didáctico y con muchos ejemplos: http://www.librosweb.es/css/index.html. En esta web también puedes encontrar otros libros muy útiles de AJAX, XHTML, …
Referencia de funcines de Moodle: http://xref.moodle.org/nav.html?_functions/index.html